올해 확 바뀐 건보료 연말정산, '이 절차'가 완전히 사라졌다?

국민건강보험공단이 올해부터 직장가입자 건강보험료 연말정산 절차를 전면 개편해 사업장 사용자의 별도 신고 없이 국세청 자료를 활용한 자동 정산 시스템을 가동한다.

기존에는 사업주가 건강보험공단에 직장가입자의 보수총액을 직접 신고해야 하는 행정적 번거로움이 존재했다. 이번 조치로 인해 약 203만 개에 달하는 전체 사업장이 별도의 서류 제출이나 신고 절차를 밟지 않아도 자동으로 연말정산 처리를 받을 수 있게 됐다. 핵심은 국세청에 제출된 간이 지급명세서 전산 자료를 공단이 직접 연계 받아 활용하는 방식이다. 사업장 입장에서는 국세청과 공단에 이중으로 자료를 제출하던 업무 부담이 획기적으로 줄어들 전망이다.

건강보험료 연말정산은 직장가입자가 전년도에 실제로 받은 보수총액과 이미 부과된 보험료를 비교해 그 차액을 조정하는 제도다. 전년도 소득이 당초 신고액보다 늘어났다면 보험료를 추가로 부과하고, 줄어들었다면 더 낸 만큼 돌려주는 식이다. 공단은 제도의 안정적인 정착을 위해 지난 2025년 한 해 동안 국세청 자료 연계와 기존 보수총액 통보 방식을 병행해 운영해 왔다. 시범 운영 기간을 거쳐 시스템 안정성이 확보되었다고 판단, 올해부터는 국세청 간이 지급명세서 자료를 우선적으로 적용해 정산을 진행한다.

모든 사업장이 강제로 자동 정산 처리가 되는 것은 아니다. 국세청 자료만으로는 정확한 산정이 어려운 예외적인 상황에 대한 안전장치도 마련됐다. 사용자가 국세청에 근로소득 간이 지급 명세서를 제출하지 않았거나, 국세청 신고 자료와 건강보험공단이 인정하는 보수의 범위가 달라 자동 정산 결과에 오차가 발생할 수 있는 경우가 이에 해당한다.

이러한 경우 사업장은 간이 지급 명세서 연계 정산 제외 신청서를 제출해 자동 처리를 막을 수 있다. 신청 기한은 1월 31일까지로 설정되었으나, 올해는 해당 날짜가 토요일인 점을 감안해 다음 영업일까지 신청을 받는다. 신청을 희망하는 사업장은 공단 지사를 직접 방문하거나 팩스, 우편, 그리고 EDI(전자문서교환) 시스템을 통해 서류를 접수하면 된다. EDI를 이용할 경우 건강보험료 연말정산 간이 지급 명세서 연계 정산 제외(취소) 신청 메뉴를 통해 간편하게 처리가 가능하다.

원인명 국민건강보험공단 징수상임이사는 이번 제도 개선이 국민이 체감할 수 있는 디지털 서비스 혁신의 일환임을 강조했다. 단순한 행정 편의를 넘어, 기관 간 데이터 장벽을 허물고 디지털 대전환을 통해 국민의 편익을 실질적으로 높이겠다는 의지가 반영된 결과다. 정정이 필요한 사업장에 대해서는 추후 추가 신고 기간을 운영해 행정 처리에 빈틈이 없도록 할 방침이다.